Heutzutage ist die Entwicklung von Medikamenten immer noch sehr teuer und sehr zeitaufwändig. In der Regel scheitern zudem viele Wirkstoffe, die durch die aufwendigen Labortests gekommen sind, in den sogenannten klinischen Phasen, in denen der Wirkstoff zuerst an gesunden, dann an erkrankten Patienten getestet wird. Erst wenn ein Wirkstoff alle unterschiedlichen Tests bzw. Phasen bestanden hat, darf er verkauft werden.
Um Geld und Zeit zu sparen, versucht die Bioinformatik die Moleküle am Computer zu simulieren. Dabei übernimmt der Computer verschiedene Aufgaben: Zum einen ist er eine Art Filter, der Moleküle, die nicht ans gefundene Zielmolekül binden können, schon vor den Labortests herausfiltert. Zum andren wird am Computer getestet, wie die mögliche Wirkstoffe optimiert werden können, so dass geringere Einnahmedosen ausreichen oder Nebenwirkungen reduziert werden können.